Từ năm 1954, Việt Nam tạm thời bị chia cắt, Hội thánh Tin Lành Việt Nam cũng bị phân chia thành 2 tổ chức, ở miền Bắc và ở miền Nam. Tại miền Bắc, do phần lớn tín đồ và chức sắc di cư vào miền Nam nên các hoạt động có phần chững lại.[56] Vào thời điểm 1975, chỉ có khoảng hơn 1 500 tín hữu với 14 chi hội tại 9 tỉnh, thành ở miền Bắc.[7]

Ngay khi hòa bình vừa tái lập, tại miền Nam, giáo hội đẩy mạnh công cuộc truyền bá phúc âm với sự hợp tác tích cực từ hầu hết các giáo đoàn trên cả nước. Một hình ảnh thường thấy vào thời ấy là một truyền đạo, được trang bị Kinh Thánh và Tân Ước, vài trăm truyền đạo đơn cùng chiếc xe đạp, đèn dầu, đôi khi có máy phóng thanh chạy bằng pin, với sự hỗ trợ của 4 hoặc 5 thanh niên, có thể thu hút những đám đông đến lắng nghe thông điệp Cơ Đốc từ đêm này qua đêm khác tại những địa điểm công cộng như chợ hoặc các hội trường tại các làng, xã lớn.[57]

Cá nhân chứng đạo – mỗi tín hữu chủ động chia sẻ niềm tin và trải nghiệm của mình cho họ hàng, thân hữu, đồng nghiệp khi có cơ hội – là một trong những phương pháp truyền bá phúc âm hiệu quả và ít tốn kém đã được nhiều tín hữu ứng dụng triệt để trong đời sống thường nhật.[58] Ngoài ra, còn có các chương trình truyền bá phúc âm cho giới trẻ, nhất là sinh viên học sinh, cho quân nhân, cho tù nhân tại các khám đường, và cho người bệnh cùng thân nhân của họ tại các bệnh viện.

Báo chí được sử dụng cho mục tiêu bồi linh và phổ truyền đức tin cũng được giáo hội quan tâm: Thánh Kinh báo (về sau đổi tên thành Thánh Kinh Nguyệt san) là tờ báo đầu tiên của Tin Lành Việt Nam, phát hành từ tháng 1 năm 1931. Ngoại trừ một thời gian bị đình bản do chiến tranh (1945 -1950), tờ báo phát hành hàng tháng cho đến tháng 4 năm 1975.[59] Còn có hai tờ báo khác nhắm vào các đối tượng độc giả khác nhau là tờ Đuốc Thiêng và tờ Hừng Đông (sau đổi thành Rạng Đông).[57] Nhà in Tin Lành di chuyển về Sài Gòn năm 1970, nhiều thể loại văn phẩm Cơ Đốc được phát hành thông qua Cơ quan Xuất bản Tin Lành. Có thể nói những năm 1954-1965 là thập niên truyền giảng lớn nhất trong lịch sử giáo hội. Tâm điểm không còn là xây dựng một giáo hội tự lập và tự trị, mà là phát triển hội thánh.[57]

Tháng 9, 1921, Trường Kinh Thánh Đà Nẵng được thành lập theo mô hình của Trường Huấn luyện Truyền giáo Nyack của Hội Truyền giáo Phúc âm Liên hiệp,[60] với mục tiêu đào tạo mục sư cho giáo hội và nhân sự cho các hội thánh địa phương. Chương trình đào tạo nhắm đến mục tiêu thiết lập một giáo hội tự trị và tự phát triển tại Việt Nam.[61] Đến năm 1960, trường dời vào Nha Trang với tên mới là Thánh Kinh Thần học viện. Mục sư Ông Văn Huyên được bổ nhiệm vào chức vụ Viện trưởng.[57] Ngoài ra, còn có hai trường Kinh Thánh ở Đà Lạt và Ban Mê Thuột chuyên đào tạo nhân sự cho hội thánh sắc tộc, và thêm một trường Kinh Thánh cho người Jarai được thành lập tại Pleiku vào giữa thập niên 1950.[62]

Năm 1960, Chẩn Y Viện Tin Lành được thành lập tại Nha Trang, trước đó 9 năm đã có một bệnh viện phung ở Eanna, Ban Mê Thuột, và Chẩn Y Viện Đà Lạt mở rộng hoạt động sau khi hòa bình trở lại năm 1954.[63] Ngoài trường tiểu học Bết-lê-hem thuộc Cô nhi viện Tin Lành Nha Trang, còn có hai trường tiểu học dành cho con em người dân tộc thiểu số ở Đà Nẵng và Đà Lạt. Với sự hỗ trợ của Hội Hoàn cầu Khải tượng, một mạng lưới trường học Tin Lành (phần lớn là trường tiểu học) được thành lập và phát triển tại nhiều địa phương, đến năm 1970 đã có 77 trường.[64] Trường trung tiểu học Ánh Sáng và trường huấn nghiệp Hòa Khánh tại Đà Nẵng, cùng trường huấn nghiệp dành cho người dân tộc thiểu số ở Đà Lạt là thành quả của Đoàn Thanh niên Cơ Đốc Xã hội.[65]